Здравствуйте! Штрафы-это незаконно. Увеличивать рабочее время за счет перерывов на отдых не имеет права. Согласно ст.106 ТК РФ

Время отдыха - время, в течение которого работник свободен от исполнения трудовых обязанностей и которое он может использовать по своему усмотрению.

Режим труда работника, включая время перерывов для отдыха и питания является обязательным условием трудового договора (ст. 57 ТК РФ). Его изменение возможно только по письменному соглашению сторон. Ст. 72 ТК РФ. Работодатель в одностороннем порядке может изменить условие трудового договора по причинам организационного или технологического характера, но обязан прежде письменно уведомить о предстоящих изменениях не менее чем за два месяца. Если работник отказывается от изменений то работодатель обязан предоставить ему другую работу. А в случае её отсутствия или отказа работника от вакансий трудовой договор расторгается по П.7 ч.1 ст.77 ТК РФ с выплатой двухнедельного пособия.

Ну в Непосредственный руководитель не вправе изменять режим труда и отдыха работника по своему усмотрению просто потому что не обладает такими полномочиями.

Никаких штрафов трудовым законодательством не предусмотрено.